На базе направлений бакалавриата института функционируют 13 магистерских специальностей:
70110601 - методика преподавания точных и естественных наук (математика)
70110602 - информационные технологии в образовании
70110901 - методика преподавания точных и естественных наук (биология)
70110801 - методика преподавания точных и естественных наук (химия)
70111001 - методика преподавания точных и естественных наук (география)
70112201 - теория и методика физкультурно-спортивной тренировки
70111101 - методика преподавания социально-гуманитарных наук (история)
70111401 - узбекский язык и литература
70111202 - инженерная графика и теория дизайна
70111301 - музыкальное образование и искусство
70110101 - теория и история педагогики (по видам деятельности)
70110501 - теория и методика обучения и воспитания (начальное образование)
70110201 - теория и методика обучения и воспитания (дошкольное образование).

  В настоящее время на первом курсе института обучаются 102 магистранта, на втором курсе – 9. Опытные преподаватели института привлекаются к проведению занятий по специальностям по 13 специальностям и к научному руководству магистерскими диссертациями. Кроме того, особое внимание уделяется привлечению магистрантов к научно-исследовательской работе, работе над магистерскими диссертациями по актуальным в настоящее время вопросам, обеспечению их активного участия в конференциях, публикации научных статей на основе результатов научных исследований.

     Обязанности отдела магистратуры:

• Координация деятельности Узбекско-Финского педагогического института СамГУ совместно с соответствующими кафедрами и деканатами;
• Обеспечение и мониторинг исполнения законов Республики Узбекистан Об образовании, указов, распоряжений, постановлений Кабинета министров, решений Коллегии, приказов, инструктивных писем, модемограмм и телефонограмм Министерства высшего и среднего специального образования, а также приказов директора на факультетах, кафедрах, отделах;
• Доведение до сведения магистрантов содержания указов и постановлений, принятых президентом и Правительством Республики Узбекистан;
• Разработка необходимых нормативных правовых актов по специальностям магистратуры, их систематическое совершенствование на основе требований и предложений заказчиков кадров;
• Заключение и реализация договоров о взаимовыгодном сотрудничестве между институтом и предприятием, организацией, частным предприятием и фирмами по направлению;
• Координация и контроль деятельности всех подразделений института по подготовке магистров;
• Содействие организации и реализации образовательного процесса подготовки магистров;
• Контроль качества образования и преподавания, предоставляемых студентам;
• Контролировать реализацию задач, возложенных на педагогов, привлекаемых к педагогической деятельности в магистратуре, повышать их социально-профессиональную и личностную активность;
• Систематический анализ текущей ситуации в магистратуре, выявление проблемных ситуаций, определение приоритетов по тенденциям развития магистратуры;
• Осуществление регулярного контроля за будущим трудоустройством мастеров;
• Контроль за осуществлением научно-педагогической, научно-исследовательской и магистерской диссертационной деятельности магистрантов по календарному плану работы магистрантов в соответствии с Положением о магистратуре;
• Обеспечить анализ вопросов подготовки магистров и регулярную подготовку отчетов по ним;
• Обеспечение эффективной организации испытаний яда и защиты магистерской диссертации.